農產品儲存冷庫的常規管理工作是非常重要的，直接關系到一個設備的運行情況和使用壽命。管理的幾方面主要包括調節庫內控制溫度、庫房相對濕度控制，適時進行通風換氣。
1.農產品儲存專用小型冷庫的溫度調控：水果蔬菜采摘完成后， 要停留2～3天，待庫溫降到適宜的溫度的時候才進行存放。果蔬入庫期間，應避免庫溫出現較大的波動。入滿庫后，要求在48小時之內將庫溫降到技術規范要求的溫度。要注意溫差控制，越小越好，而且切記一定要注意各類果品之間留有通風散熱的空隙。
2.庫房內部貨物的堆疊情況：因為庫房內的可用儲存空間有限，因而必須進行合理使用，以提高庫房利用率。貨物的堆碼必須確保牢固、安全可靠、整齊、通風良好，便于人員出入和庫房庫存檢查；貨架的選擇和使用也要分外注意,如果采用貨架，貨架間的彼此距離應相距0.7米左右；地面墊木高度要達到0.12到0.15米。
3.冷庫的通風換氣：水果蔬菜等生鮮產品會不斷地呼吸作用，釋放二氧化碳及其他多種有害氣體，如果長期在冷庫庫內積累。當濃度過高時，會引起果蔬的生理代謝失調，以致敗壞變質，同時對進庫操作人員的安全性也會造成威脅。所以，對果蔬貯藏而言，通風換氣是十分必要。可以在夜間和清晨庫內無人的時候通風，同時開啟制冷機，以減免庫內溫度的升高。
4. 農產品儲存冷庫庫房內相對濕度的控制：制冷設備運行時，由于蒸發器會無時不刻地進行結霜，所以庫房的管理人員要經常將霜融化掉并將霜水排走，這就會引起冷庫內相對濕度降低。因此，制冷系統設計時要求有較大的蒸發面積，使蒸發器表面的溫度和庫溫的差值要小些，以減少結霜情況發生的可能性。可以通過安裝自動加濕裝置完成，如果沒有安裝該裝置，當濕度不足時，仍是可以通過地面灑水和噴水的方法部分彌補濕度的不足。
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